2.2 中性繪圖分析

芒果葉綠體基因組GC12的取值范圍在0.33～0.56之間，GC3的取值范圍在0.18～0.32之間，基因全部落在中線對角線上方（圖1）。GC12與GC3的相關(guān)系數(shù)0.279（表2），雙尾檢測相關(guān)性不顯著，回歸系數(shù)（曲線斜率）為0.3544，相關(guān)性較弱。結(jié)合圖1和表2表明芒果葉綠體基因組密碼子第1、2位和第3位堿基之間關(guān)聯(lián)性不大，自然選擇在芒果葉綠體基因組密碼子偏好使用中起主要作用。

2.3 ENC-plot繪圖分析

ENC-plot繪圖以ENC比值[（預(yù)期ENC值～實際ENC值）/預(yù)期ENC值]和ENC比值頻數(shù)判斷偏好性影響因素，揭示ENC與GC3s的關(guān)系，反映堿基組對密碼子偏好性的影響程度。基因坐標點離標準曲線的距離近且數(shù)量較多說明偏好性主要受到突變的影響；反之說明偏好性受選擇的影響較大。圖2結(jié)合表3顯示60%共33個基因分布在–0.05～0.05之間，這33個基因的實際ENC值與預(yù)期ENC值接近，與標準曲線的距離較近，分布在–0.05～0.05之外的基因有22個，這22個基因與預(yù)期ENC值較遠，在標準曲線較遠的位置。說明芒果基因組密碼子偏好性與GC3的差異有關(guān)，突變對芒果葉綠體基因組密碼子偏好性的影響較大。

2.4 PR2-plot繪圖分析

PR2-plot繪圖通過分析密碼子第3位堿基的組成關(guān)系，揭示密碼子使用偏好性的影響因素。由圖3可以看出芒果基因在4個區(qū)域內(nèi)分布不均勻，多數(shù)分布于平面圖的左下方。T和C在密碼子第3位出現(xiàn)的頻率較高，G與C、A與T的使用頻率不相等，T的使用頻率高于A，C的使用頻率高于G，嘧啶的使用頻率高于嘌呤，說明突變不是影響芒果密碼子使用偏好性的唯一因素，選擇等其他因素對芒果密碼子使用偏好性也產(chǎn)生一定的影響。

2.5 相對同義密碼子使用度分析

利用codonW軟件對芒果55條基因序列的RSCU值進行計算（表4）。結(jié)果顯示RSCU＞1的密碼子共31個，出現(xiàn)頻率相對較高的是以A（13個）或T（16個）結(jié)尾的密碼子，是芒果基因組偏愛；以G（1個）或C（1個）結(jié)尾的密碼子出現(xiàn)的頻率較低且RSCU值多小于1，說明這些是基因組非偏好的密碼子。
 

相關(guān)鏈接：芒果，基因組，嘧啶，嘌呤

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