2.3.2差異蛋白質(zhì)的分子功能分類(lèi)

分析鰱魚(yú)肌原纖維蛋白質(zhì)組的功能情況，將差異蛋白質(zhì)進(jìn)行Level8級(jí)別上的基因本體的注釋?zhuān)环譃?個(gè)類(lèi)別。從表6得知，AＴPase活性功能（AＴPaseactivity）包含1個(gè)蛋白點(diǎn)，為點(diǎn)3504；肌動(dòng)活動(dòng)功能（motoractivity）包含3個(gè)蛋白點(diǎn)，分別為：5503，5504，6512；腺嘌呤核苷酸結(jié)合功能（adenylribonucleotidebinding）包含4個(gè)蛋白點(diǎn)，分別為點(diǎn)1012，3504，6512，1105。

2.3.3差異蛋白質(zhì)的生物過(guò)程分類(lèi)

利用GO的功能對(duì)鑒定出的差異蛋白質(zhì)點(diǎn)進(jìn)行Level5級(jí)別上的生物過(guò)程分類(lèi)和鑒定，見(jiàn)表7所示。差異蛋白質(zhì)可以被分為35個(gè)生物途徑，其中，包含一個(gè)蛋白質(zhì)的生物過(guò)程有：肌動(dòng)蛋白運(yùn)動(dòng)、肌肉系統(tǒng)過(guò)程、骨架結(jié)構(gòu)、有機(jī)氮化合物分解過(guò)程、雜環(huán)化合物分解過(guò)程、細(xì)胞成分形態(tài)、細(xì)胞凋亡調(diào)節(jié)、含磷化合物代謝過(guò)程、有機(jī)環(huán)狀化合物應(yīng)激、細(xì)胞含氮化合物代謝過(guò)程、細(xì)胞器組裝、有機(jī)磷酸酯代謝過(guò)程、蛋白亞基組成復(fù)合體過(guò)程、嘌呤化合物代謝過(guò)程、脂類(lèi)應(yīng)激、肌肉組織發(fā)育過(guò)程、芳香族化合物代謝過(guò)程、糖類(lèi)衍生物代謝過(guò)程、糖基化合物分解過(guò)程、有機(jī)環(huán)狀化合物分解過(guò)程、細(xì)胞分化過(guò)程、細(xì)胞過(guò)程的負(fù)調(diào)控、含堿基化合物代謝過(guò)程、金屬離子應(yīng)激過(guò)程、循環(huán)系統(tǒng)過(guò)程、激素應(yīng)激過(guò)程、乙醇應(yīng)激過(guò)程、細(xì)胞凋亡規(guī)劃過(guò)程，共30個(gè)生物過(guò)程，其包含的蛋白質(zhì)點(diǎn)均為點(diǎn)3504。

信號(hào)傳導(dǎo)過(guò)程包含1個(gè)蛋白點(diǎn)0116；規(guī)范過(guò)程包含1個(gè)蛋白點(diǎn)6512；微管發(fā)育過(guò)程包含3個(gè)蛋白點(diǎn)2402，1410及5302；胚胎發(fā)育過(guò)程包含4個(gè)蛋白點(diǎn)2402，1410，5302及6512；組織形態(tài)形成過(guò)程和系統(tǒng)發(fā)育過(guò)程包含5個(gè)蛋白點(diǎn)2402，1410，5302，4203及3504；形態(tài)發(fā)育過(guò)程中的解刨學(xué)結(jié)構(gòu)形成過(guò)程包含6個(gè)蛋白點(diǎn)2402，1410，5302，4203，6512及3504。結(jié)果表明，這些蛋白點(diǎn)在降解過(guò)程中可能參與多種生物途徑，且1個(gè)蛋白可能參與多個(gè)生物途徑。趙巧靈[10]在金槍魚(yú)冷藏過(guò)程中鑒定差異蛋白質(zhì)中發(fā)現(xiàn)有5種關(guān)于肌原纖維結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)，分別是肌球蛋白重鏈-1、肌球蛋白輕鏈-1、肌球蛋白輕鏈-3、α-肌動(dòng)蛋白和β-肌動(dòng)蛋白。

2.4差異蛋白點(diǎn)的生物信息學(xué)分析

肌動(dòng)蛋白在體內(nèi)一般以球形肌動(dòng)蛋白（G-肌動(dòng)蛋白）和纖維性肌動(dòng)蛋白（F-肌動(dòng)蛋白）兩種形式存在，是構(gòu)成細(xì)胞骨架和肌小節(jié)的主要蛋白質(zhì)，主要參與肌肉收縮。肌動(dòng)蛋白結(jié)構(gòu)中結(jié)合位點(diǎn)較多，可與多種蛋白質(zhì)相結(jié)合，以發(fā)揮不同的細(xì)胞功能。它與肌球蛋白結(jié)合，使肌球蛋白AＴP酶的活性變大，為肌肉的運(yùn)動(dòng)提供能量，其與肌球蛋白相互作用，促使肌肉運(yùn)動(dòng)。

在本研究中，被鑒定為肌動(dòng)蛋白及相關(guān)蛋白的蛋白點(diǎn)包括4℃組中的點(diǎn)0510，1410，3504，3413，1105，1005，0014和6406，25℃組中的點(diǎn)2402，2304，5302和4104。其中，4℃組中點(diǎn)0510，1410，3504，3413出現(xiàn)下調(diào)，點(diǎn)1105，1005和0015出現(xiàn)上調(diào)，而點(diǎn)6406的豐度呈現(xiàn)先上升后下降的趨勢(shì)；25℃組中點(diǎn)2402和2304出現(xiàn)下調(diào)，而點(diǎn)5302和4104的豐度呈現(xiàn)先上升后下降的趨勢(shì)。表明在降解過(guò)程中，堿性蛋白酶破壞肌動(dòng)蛋白，使其被分解為多個(gè)基團(tuán)，而出現(xiàn)先上升后下降趨勢(shì)的蛋白點(diǎn)仍需要進(jìn)一步研究。

肌球蛋白在魚(yú)肌肉中含量約50%，而且它與肉的熱凝膠能力有著較為重要的關(guān)系。肌球蛋白是一種大的不對(duì)稱(chēng)分子，具有一條α-螺旋組成的螺旋狀頸部和2個(gè)分子質(zhì)量為500ku，具有AＴPase活性的球形頭部區(qū)域，總體而言，其包含2條重鏈（MHC）和4條輕鏈（MLC）。肌球蛋白具有兩種輕鏈，一種是調(diào)節(jié)輕鏈，其在磷酸化作用和去磷酸化作用中有著重要作用，另一種是基本輕鏈，同時(shí)也被稱(chēng)為堿性輕鏈。肌球蛋白重鏈?zhǔn)枪趋兰〈旨〗z的重要組成單位，其表達(dá)量高低影響肌纖維的組成和肌肉生長(zhǎng)。肌球蛋白重鏈包括3個(gè)結(jié)構(gòu)及功能不同的結(jié)構(gòu)域：頭部結(jié)構(gòu)域的結(jié)構(gòu)最保守，它具有與AＴP、肌動(dòng)蛋白結(jié)合的位點(diǎn)；結(jié)構(gòu)域?yàn)?alpha;-螺旋的頸部，它通過(guò)與調(diào)節(jié)輕鏈亞基相結(jié)合來(lái)調(diào)節(jié)頭部的活性；尾部結(jié)構(gòu)域含有決定尾部是否與膜結(jié)合，還是與其它的尾部相結(jié)合的位點(diǎn)，由此它決定是否產(chǎn)生肌球蛋白二聚體或者肌球蛋白纖維。在本研究中，與肌球蛋白及相關(guān)蛋白質(zhì)有關(guān)的蛋白點(diǎn)有4℃組中的0007和6512，在降解過(guò)程中，點(diǎn)0007的豐度出現(xiàn)下調(diào)趨勢(shì)，而點(diǎn)6512的豐度則呈現(xiàn)上升趨勢(shì)。

同時(shí)，肌球蛋白重鏈可以被酶解為重酶解肌球蛋白和輕酶解肌球蛋白。重酶解肌球蛋白具有肌球蛋白全部的AＴPase活性，輕酶解肌球蛋白則對(duì)細(xì)絲的形成有著重要作用。在本研究中，質(zhì)譜鑒定結(jié)果為輕酶解肌球蛋白相關(guān)蛋白質(zhì)的蛋白點(diǎn)包括4℃組中的點(diǎn)5006和25℃組中的點(diǎn)5503，其豐度均在酶解過(guò)程中呈現(xiàn)上升趨勢(shì)，具體機(jī)制仍有待研究。

HypotheticalproteincypCar_00047572（點(diǎn)0116）在降解過(guò)程中呈現(xiàn)上升趨勢(shì)，根據(jù)后面的GO功能注釋得知，此蛋白點(diǎn)與信號(hào)傳導(dǎo)有關(guān)；hypotheticalproteincypCar_00035009（點(diǎn)6407）在降解過(guò)程中呈現(xiàn)先上升后下降的趨勢(shì)，根據(jù)GO功能注釋?zhuān)说鞍资侵虚g絲骨架及骨架結(jié)構(gòu)部分的組成部分；hypotheticalproteincypCar_00036471，partial（點(diǎn)5504）在降解過(guò)程中呈現(xiàn)上升趨勢(shì)，根據(jù)GO功能注釋得知，此蛋白點(diǎn)同樣是中間絲骨架及骨架結(jié)構(gòu)部分的組成部分，同時(shí)其又與肌動(dòng)活動(dòng)功能有關(guān)；hypotheticalproteincypCar_00048243（點(diǎn)4203）在降解過(guò)程中呈現(xiàn)上升趨勢(shì)，依據(jù)GO功能注釋?zhuān)说鞍c(diǎn)參與組織形態(tài)形成過(guò)程、系統(tǒng)發(fā)育過(guò)程及形態(tài)發(fā)育過(guò)程中的解剖學(xué)結(jié)構(gòu)形成過(guò)程。然而這4個(gè)蛋白點(diǎn)相關(guān)研究較少，仍需進(jìn)一步研究。

2.5差異蛋白質(zhì)代謝途徑

目前，關(guān)于水產(chǎn)品蛋白質(zhì)微生物降解機(jī)制研究較少，通過(guò)KEEG代謝途徑分析無(wú)法找到肌原纖維蛋白的降解途徑。通過(guò)前文降解過(guò)程中生物信息學(xué)分析，可推測(cè)，在降解過(guò)程中，堿性蛋白酶將肌原纖維蛋白結(jié)構(gòu)展開(kāi)，破壞其骨架，使肌動(dòng)球蛋白解體為肌動(dòng)蛋白及肌球蛋白。隨后，堿性蛋白酶主要作用于肌原纖維蛋白組分中的肌動(dòng)蛋白及肌球蛋白，分別將肌動(dòng)蛋白降解為肌動(dòng)蛋白的多個(gè)肽段，將肌球蛋白降解為肌球蛋白重鏈和輕酶解肌球蛋白。

3結(jié)論

在4℃和25℃條件下，隨著堿性蛋白酶處理時(shí)間的增加，蛋白圖譜中蛋白點(diǎn)的數(shù)量呈現(xiàn)先增加后減少的趨勢(shì)。推測(cè)堿性蛋白酶降解肌原纖維蛋白的途徑可能是首先破壞肌原纖維骨架結(jié)構(gòu)，肌動(dòng)球蛋白解體為肌動(dòng)蛋白和肌球蛋白，隨后，肌球蛋白及肌動(dòng)蛋白進(jìn)一步被分解為其它產(chǎn)物如肌球蛋白重鏈等。

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